رغم الفوائد الكبيرة للتفكير الناقد، إلا أن تطبيقه في بيئة العمل الجماعي قد يواجه بعض التحديات، مثل:

مقاومة التغيير من بعض الأعضاء الذين يفضلون الطرق التقليدية.
الخوف من النقد أو فقدان الثقة بالنفس عند طرح الأفكار الجديدة.
ضيق الوقت وضغط العمل الذي قد يمنع من التعمق في التحليل.

لمواجهة هذه التحديات، يجب على القادة تشجيع ثقافة الانفتاح وتقدير الأفكار المختلفة، وتوفير بيئة آمنة للنقاش، وتخصيص وقت كافٍ للتفكير والتحليل الجماعي.