من أبرز التحديات التي تواجه النباتات غير الوعائية:

الاعتماد الكبير على الماء، مما يحد من انتشارها في البيئات الجافة.
صغر الحجم، فلا تستطيع منافسة النباتات الأكبر حجمًا على الضوء والغذاء.
سهولة التأثر بالتغيرات البيئية مثل الجفاف أو التلوث.