الكلور يضر بالجذور ويمنعها من امتصاص الماء والعناصر الغذائية بشكل فعال، مما يؤدي إلى ذبول الشجرة وموتها ببطء.
عندما يُستخدم بتركيز عالٍ حول الجذور أو يُصب مباشرة على جذع الشجرة، يمكن أن يُلحق أضرارًا بالخلايا النباتية.