عيوب التبويب الوظيفي
 

العزلة الوظيفية
التركيز الضيق
ضعف المرونة
اهمال الصورة الشاملة

قد يؤدي هذا النظام إلى انغلاق الأقسام على ذاتها مما يقلل من فرص التعاون بينها. كما أن التركيز الزائد على التخصصات قد يزيد من الفجوة بينها. كذلك فإنه قد يصعب على المؤسسات التي تعتمد على هذا النوع من التبويب مواكبة سرعة التغيرات في السوق. بالإضافة إلى أن التخصص المفرط قد يقلل من قدرة الأقسام على رؤية الصورة العامة للمؤسسة مما يؤثر على اتخاذ القرارات الاستراتيجية.

وبشكل عام، فإن استخدام هذا النوع من التبويب يعتمد على طبيعة المؤسسة واحتياجاتها، حيث قد يكون ملائمًا لبعضها بينما لا يكون كذلك لبعضها الآخر.